In 1912 verving de nog jonge firma H.W. Flentrop het bescheiden Kruse-orgel door het tweeklaviers instrument uit de St.-Antonius van Paduakerk te Haarlem. Hier was het in 1853 geplaatst door de orgelbouwer Van den Brink. Bij de plaatsing wijzigde H.W. Flentrop de opstelling van de windlade van het in de onderkast geplaatste tweede klavier. De lade werd een kwartslag gedraaid. Om de vrijstaande speeltafel aan het oog te onttrekken, bracht de orgelbouwer bovendien een niet sprekend  rugwerkfront aan. De detaillering en het uitgebreide houtsnijwerk van dit nieuwe front werden zorgvuldig ontleend aan de kast van het hoofdorgel. 

In 1920 brandden de toren en het dak van de kerk als gevolg van blikseminslag volledig af. Het orgel raakte daarbij ernstig beschadigd. Veel metalen pijpen van Van den Brink gingen door de hitte verloren.
H.W. Flentrop bouwde in de bewaard gebleven historische orgelkast een nieuw orgel, dat in 1922 in gebruik werd genomen. De nog bruikbare pijpen van Van den Brink vonden in dit nieuwe orgel een plaats in het 'hoofdwerk' (het eerste klavier). Dit werd de grondslag voor de klassiek - Hollandse klank van het instrument.
Toegevoegd werd echter ook een nieuw 'onderpositief' (te bespelen vanaf het tweede klavier) met registers bestemd voor de vertolking van de 'moderne' orgelmuziek van na de eeuwwisseling: vooral de muziek van Duitse componisten zoals Reger en Karg Elert.

Klassiek is ook plaatsing van de kleurige Quintadeen 8 voet op het hoofdwerk. In andere orgels uit deze tijd plaatste men bij voorkeur een sterke strijker zoals een Violon 8 voet. Het pedaal kreeg een uitgebreide bezetting waaronder een stevige Bazuin 16 voet als fundament van het volle werk. Dit register droeg de uitdrukkelijke goedkeuring weg van Albert Schweitzer die op uitnodiging van H.W. Flentrop het orgel bespeelde.
De speeltafel kwam nu aan de linker zijkant van het orgel.
De mechanische overbrenging van Van den Brink maakte plaats voor pneumatische tractuur en kegelladen. Deze verandering bood de mogelijkheid tot het aanbrengen van speelhulpen zoals vaste combinaties en een vrije combinatie. Voor een stevige klank zorgde verder de sub-octaafkoppel van het eerste klavier naar het tweede klavier.



Nadat in 1976 in het onderpositief enkele wijzigingen waren aangebracht in de toenmalige 'neobarokke' stijl, besloot in 2003 Rijks Monumentenzorg het instrument op de monumentenlijst te plaatsen.
In 2008 volgde een restauratie die een terugkeer inhield naar de situatie van 1922. Deze restauratie werd uitgevoerd door de firma D.A. Flentrop. Daarbij keerden pijpen terug die in 1976 waren verwijderd en die sindsdien door de orgelbouwer waren bewaard. De pneumatiek en de windladen werden hersteld, de intonatie van de pijpen werd in de oorspronkelijke staat teruggebracht.
Het resultaat is een fraai 'modern' orgel waarop de muziek geschreven rond 1900 uitstekend klinkt, terwijl het instrument door zijn klassieke kern ook onmiskenbaar geschikt is voor oudere muziek.

Dispositie:
 

Hoofdwerk (klavier I)
Bourdon 16
Prestant 8
Roerfluit 8
Quintadeen 8
Octaaf 4
Fluit 4
Quint 3
Octaaf 2
Mixtuur 2-3 sterk
Cornet 5 sterk discant
Trompet 8

Zwelwerk in onderpositief  (klavier II)
Salicionaal 8
Holpijp 8
Viola di gamba 8
Voix Celeste 8
Fluit Harmoniek 4
Nazard 3
Woudfluit 2
Basson Hobo 8
Tremolant

Pedaal:
Subbas 16
Gedekt 8
Cello 8
Bazuin 16

Speelhulpen:
Koppelingen: I-II, P-I, P-II
Vaste combinaties: P, F, FF
Vrije combinatie
Suboctaafkoppeling I-II